秸秆还田带来的危害性主要从下面五个方面来讲述：
一、秸秆还田，且年年直接还田，秸秆中的虫卵、带菌体等一些病虫害，还田后留在土壤里，未腐熟完全的秸秆为这些病虫害安全越冬提供了一个温床，致使病虫害直接发生或者越冬来年发生。但是这种情况现在尚无措施进行处理。
二、秸秆直接还田，腐熟速度慢，而且秸秆在腐熟的过程中，会消耗土壤中大量的氮素等养分，致使地力下降，会影响下茬庄稼发芽、生根等。
三、秸秆还田后由于多在表层，特别容易阻挡播种机腿下种，会造成播种不均匀的现象，另外秸秆还田后土壤过于松软难以控制播种深度，会造成出苗不齐的现象，而且秸秆还田后特别容易阻挡种子出苗向上生长，另外秸秆腐熟过程中易烧苗，会造成弱苗、黄苗的现象。
四、由于秸秆连年还田土壤过于蓬松，种子扎根在秸秆层，农作物变得非常不抗倒，生长后期稍有点风加雨便可能出现倒伏。
五、小麦播种后就怕土壤水分大，如稻草还田后被埋在表层土下，含水量较大，而且不容易干，会造成小麦烂根。如果雨水一多，土层下没有沤烂的秸秆正好吸附了水分，将严重影响小麦生长。
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中军创新能源科技公司为解决农民对秸秆储存、燃烧等带来的一系列问题，采取将各种作物秸秆、树枝、板皮锯末、生活垃圾等用“敞开式快速炭化窑生产炭的工艺”及配套设备进行快速炭化生成炭化物的同时，能产出焦油、醋酸液、可燃气体，而且整个生产过程绿色、环保、让秸秆“变废为宝”，实现循环利用价值。
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全国13亿多人口，如果三分之二的人把炭化窑利用起来，把秸秆收回来，可同时获得社会效益、经济效益、环保效益、能源效益。公司把秸秆收回，给老百姓费用，老百姓获得收益，公司进行秸秆炭化，炭化后制作生物肥，再把肥料用到土地，真正做到“来自大自然又回到大自然”，给农民带来经济效益。目前，国家发改委、科技部、环保部等三十多个部门都在以不同形式深入研究这种技术的推广应用。